Ecco che cosa è successo nella seconda puntata de Il Commissario Zagaria: il mare restituisce a Lecce una ragazza con un abito rosso. La polizia scientifica, capeggiata da Stefano Amato, e il viceprocuratore Emma Sardella sono già sul posto, dove i sommozzatori hanno recuperato il corpo senza vita della giovane. Il commissario Zagaria li raggiunge accompagnato da Tony Pagano, che riconosce il vestito come quello della figlia Sara, scomparsa da giorni.
Ma il corpo non è quello di Sara, ma della sua amica Veronica, scomparsa il sabato sera insieme a lei. Sebbene sconvolto, Pagano è ovviamente sollevato dal fatto che la ragazza non sia la figlia, ma non ha intenzione di stare aspettare che il mare gli riporti Sara.
Nel frattempo, l’agente Lepore ha scoperto parecchie cose riguardo Palmas, il ragioniere trovato morto cementato vivo qualche giorno prima. L’uomo, infatti, era riuscito a far convogliare, attraverso dei conti-specchio, seicentomila euro in un proprio conto personale, abbastanza da far considerare Matera invischiato nella morte di Palmas più di prima.
Sebbene messo in guardia da Zagaria, Stefano è innamorato di Nicoletta e non gli interessa del giudizio del commissario o di chiunque altro. Così esce con lei, la quale lo porta in un vecchio maniero fuori città, raccontandogli delle sue origini contadine, di cui è fiera. Allo stesso modo, Stefano le confessa di stare investigando su suo padre, in merito alla morte di Palmas. I due litigano pesantemente: Nicoletta è risentita perchè Stefano sembra stia sovrapponendo la figura del padre alla loro relazione, ma il ragazzo la rassicura, per lui c’è solo il loro amore.
Pagano contattata i calabresi per avere finalmente notizie di Sara. Va così, scortato da un suo “collaboratore”, all’albergo del centro dove pernottano. Ma la tragedia si abbatte: un qui pro quo tra un uomo dei calabresi e la scorta di Pagano fanno in modo che questi spari, uccidendo il giovane. Pagano e il suo collaboratore allora non possono fare altro che scappare. Ovviamente, per Pagano non ci sono scuse che reggano: l’uomo che hanno ucciso potrebbe minare i rapporti tra Pagano ed i calabresi, e quindi l’incolumità di Sara.
Interrompendo l’idillio d’amore tra Stefano e Nicoletta, la squadra è chiamata sulla scena del crimine. Questa volta niente riesce a contenere Zagaria: Lecce non è il far west! Il commissario e Amato vanno a casa di Pagano e i due vecchi amici hanno uno scontro acceso, in cui Pasquale dice a Tonino che non potrà aiutarlo a trovare Sara se lui stesso non l’aiuta. Pagano gli risponde che un uomo ha solo la propria famiglia, ed è questa frase che fa venire l’idea a Zagaria che probabilmente Palmas ha mandato i fascicoli a qualcuno della sua famiglia nella sua terra d’origine, la Sardegna.
Il medico legale dà a Zagaria i risultati delle autopsie: Veronica è stata picchiata prima di affogare, circa tre giorni prima, mentre l’uomo ucciso dal collaboratore di Pagano ha subito la violenza di un intero caricatore all’altezza del cuore, segno evidente che, chi ha sparato, era in preda al panico.
L’agente Lepore recupera i tabulati del telefono di Veronica: la ragazza ha chiamato l’ex fidanzato, Basso, prima di morire. Insospettiti, Zagaria e Amato vanno a recuperare il ragazzo nella palestra che gestisce, il quale ammette di aver visto la chiamata, ma di non aver risposto perchè non aveva intenzione di aver ancora qualcosa a che fare con Veronica visto chi stava frequentando: Capone, figlio del più famoso notaio del posto, un ragazzo poco raccomandabile e pieno di soldi.
Recuperato il ragazzo prima che potesse scappare, Capone riesce a dare agli agenti una versione su ciò che è successo la notte in cui le ragazze sono scomparse: Capone e Saracino, proprietario del Pepe Verde, avevano portato le ragazze al largo sulla barca di Capone; quando hanno provato ad approcciarsi con le due, visibilmente ubriache, Sara ha preferito tentare la strada del ritorno a nuoto, mentre la povera Veronica è stata gettata di peso in acqua, senza che però fosse realmente in pericolo di morte. Capone giura di non aver picchiato Veronica e di averla vista nuotare via.
Qualcosa di losco sta però avvenendo nel maniero che Nicoletta ha mostrato a Stefano: l’incontro tra il capo dei calabresi, Donati, e Matera, con la presenza di Pagano. Donati dichiara la fine della tregua, vista la morte di uno dei suoi uomini.
A casa di Sara sono state trovate delle impronte non solo della ragazza e di Zagaria, ma anche di un’altra persona, che è stata con le ragazze e che ha frugato dappertutto. Zagaria è convinto che Sara sia ancora viva, che sia riuscita ad arrivare a riva dopo la notte sulla spiaggia. Va allora a casa di Simi, il professore di Sara, trovando un vero e proprio mausoleo dedicato alla ragazza. Saputo dalla madre di questi che è alla casa al mare, Zagaria incarica Anna di andare lì con Amato.
Così Sara viene ritrovata: era stata imbottita da Capone e Saracino di una droga per stupro, e quando la ragazza si era ripresa era andata da Simi, che l’aveva portata in ospedale. Sara però rivela di aver visto Veronica riuscire a raggiungere la spiaggia poco dopo di lei, ma di aver anche visto qualcuno raggiungerla.
Pagano, pieno di gratitudine verso l’amico Pasquale, gli promette che dopo due giorni gli consegnerà i pesci più grossi che ci sono dietro l’omicidio dell’albergo.
Zagaria ed Amato, con il provvidenziale aiuto di De Simone, riescono a venire a capo della morte dell’amica di Sara: è stato proprio Basso ad uccidere Veronica! Riuscendo, infatti, a capire dove fosse dalla telefonata che gli aveva fatto, il ragazzo era andato da lei volendola aiutare, ma un raptus di rabbia e gelosia avevano portato Basso a picchiare Veronica fino ad ucciderla.
Matera, dopo aver saputo dalla figlia che c’è qualcuno che gli vuole presentare, chiama Pagano: deve andare a prendere Donati per un altro incontro. Sara è presente alla telefonata, così la riferisce al commissario quando, con Amato, vanno allo stabilimento per parlare con lui, come promesso. Ed è proprio Stefano a capire quale sia la masseria vecchia a cui fa riferimento Matera…
Ma l’incontro era una trappola: Matera ha venduto Pagano per mantenere la pace tra i clan, così Donati gli spara al cuore senza pensarci due volte per avere la sua vendetta.
Zagaria ed Amato arrivano troppo tardi.
Nicoletta vede in tv quello che è successo, riconoscendo il luogo del delitto e ricollegando gli avvenimenti. Affronta così il padre. Dopo chiama Stefano, accordandosi per incontrarsi proprio in casa di Matera. Stefano propone a Nicoletta di andare con lui a Firenze, quando il suo compito alla scientifica sarà finito. Inoltre, Stefano riesce finalmente a piazzare la cimice in casa di Matera!
Zagaria, infuriato, va da Matera e gliene dice quattro, raccontandogli anche del dossier segreto nascosto da Palmas che, una volta recuperato, lo incastrerebbe. Tornato in questura, la cimice messa da Amato rivela che il boss ha intenzione di far uccidere il commissario!
Emma, in qualità di nuora e procuratore, vuole metterlo sotto scorta, mentre le idee di Pasquale sono altre: vuole essere l’esca. Nonostante le ritrosie di Amato ed Emma, Zagaria ottiene ciò che vuole e, fingendo di andare a trovare gli amici di sempre, Felice ed Alice, insieme alla collaborazione della polizia – e di Amato, travestito da donna con tanto di parrucca! – riescono a prendere il killer assoldato da Matera.
Nicoletta comunica al padre la sua intenzione di andarsene da Lecce proprio mentre Zagaria, con De Simone, Lepore ed un mandato d’arresto arrivano a casa di Matera e lo portano via.
Stefano è in stazione, pronto per tornare a Firenze. Zagaria e Lepore arrivano a salutarlo, tutti molto commossi. Nicoletta arriva anche lei, ma schiaffeggia Stefano, convinta di essere stata usata da Stefano per arrivare ad incastrare il padre ed arrestarlo. Così Amato cambia idea e decide di restare a Lecce, per amore di Nicoletta e della sua nuova squadra.
